Algorithmen in der Bioinformatik

Modulbeschreibung

Der Kurs Algorithmen in der Bioinformatik vermittelt Kenntnisse über verschiedenen Klassen von Algorithmen, die in der Bioinformatik Anwendung finden. Es werden klassische Algorithmen anhand von biologisch relevanten Problemen erläutert und spezielle – auf die Biologie zugeschnittene – neue Algorithmen besprochen. Die Algorithmen werden exemplarisch von den Studenten in der Programmiersprache Perl implementiert und auf einfache, biologisch motivierte Probleme angewandt.

Die Absolventen sollen in der Lage sein, bioinformatische Probleme mit den vorgestellten Algorithmen selbständig zu lösen.

Inhalte

• Grundlagen der Bioinformatik
• Exhaustive Suche: DNA-Motive
• Gierige Algorithmen: Genom-Umordnungen
• Dynamische Programmierung: Sequenz-Alignment
• Heuristiken: Multiple Alignments
• Graphen-Algorithmen: Sequenzierung
• Kombinatorische Mustersuche: BLAST
• Hidden Markov Modelle
• Cluster & Cliquen
• Phylogenetische Bäume

Vorlesung

Die Vorlesung findet im Sommersemester Dienstags von 10:30 bis 12:00 Uhr in Raum 25.02.O2.21 statt. Die Vorlesung beginnt am 3.4.2012.

Übungen

Die Übungen findet im Sommersemester Montags von 14:30 bis 16:00 Uhr in Raum 25.02.O2.21 statt. Die Übungen beginnen am 2.4.2012.

Teilnahmevorraussetzungen/Anmeldung

Erfolgreiche Teilnahme an Informatik 1 und 2.

Anmeldungen zum Kurs erfolgen über das elektronische Vorlesungsverzeichnis.

Klausur

Die Klausur wird am 17.7.2012 von 10:30 bis 12:00 Uhr in Raum 25.02.O2.21 stattfinden.

Nachklausur

Die Nachklausur wird am 2.10.2012 von 10:30 bis 12:00 Uhr in Raum 25.02.O2.21 stattfinden.

Literatur

• Jones & Pevzner:
  An Introduction to Bioinformatics Algorithms
• Higgs & Attwood:
  Bioinformatics & Molecular Evolution

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